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 ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?

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efw28



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MessageSujet: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Jeu 15 Mar - 13:01

Bonjour à tous !!

Voilà, je suis, comme on dit, une brèle en statistiques, et malgré des cours je suis incapable de déterminer quelle analyse multivariée utiliser.
Je suis en stage, et j'ai absolument besoin de comprendre.
Mon jeu de données porte sur des macroinvertébrés benthiques et des hydroécorégions ainsi que des stations de prélèvements hydrologiques.

Le but de mon analyse sera de savoir si les stations sont à peu près homogènes par hydroécorégion, ou s'il y a des dissonances (homogènes par le nombre d'individus / taxons de macroinvertébrés).

Je ne sais ni comment organiser mes données, ni quelle analyse effectuer.

Si quelqu'un parmi vous pouvait m'aider ...

Merci d'avance,

Lucile
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granchef



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Ven 16 Mar - 17:34

Bonjour,

on commence rarement une étude avec une Acp, Afc, AFCM/Cah. Ce sont des techniques utilisées en complément et quand on a le temps lol!

Je ne comprends pas de quoi il retourne : ce que tu fais, avec quoi, ce que tu veux montrer.

Peux tu me le préciser et me donner un aperçu de ton échantillon?

Cordialement,

Anthony.
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efw28



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Ven 16 Mar - 17:58

Je travaille sur des variables biologiques propres aux invertébrés benthiques.
Le but du jeu est de trouver des stations de référence dans les agences de l'eau, par hydroecorégion (découpage de la France en 122 "régions" sensées être homogènes du point de vue hydro, géo, climato etc ...).

La, j'ai donc réuni 61 HER (hydroecorégions), un certain nombre de stations de bonne qualité par HER ainsi que le nom des invertébrés que l'on y trouve, et leurs effectifs par station.
Le but, par HER, est de voir si les stations sont assez homogènes entre elles au niveau de la composition faunistique, ou s'il y en a qu'il faut que j'enlève de mon jeu de données car elles sont en contradiction et ne pourront pas être considérées comme de référence.

Certaines HER ont 2 stations, d'autres 85.
Voilà ce que donne le jeu de données :


Station_1
Station_2
Rhyacophilidae
21
8
Limnephilidae
4
16

Dans cet exemple j'ai en tout 53 taxons, et 2 stations, mais il y a des HER ou j'aurais 100 taxons et 85 stations ...

Cordialement,

Lucile
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granchef



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Mar 20 Mar - 12:12

Un sujet vaste à explorer s'il en est lol!

Tu as raison tente l'AFC (2 variables qualitative)

Associer et dissocier les stations par HER revient à réaliser autant d'AFC que ton fichier compte de HER.

Par HEC, construit un tableau de contingence:

Station 1 Station 2 ... Station i ... Station n
Taxon 1 21 8 ... ...
Taxon 2 4 16 ... ...
... ... ...
Taxon i
...
Taxon n

Et réalise l'AFC (dépend de quel logiciel tu disposes si tu en as un!)

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efw28



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Mar 20 Mar - 12:25

Question très bête s'il en est, mais pour le tableau de contingence, le "station 1" sera décalé par rapport au "taxon 1", et ainsi la première case laissée vide ou est-ce volontaire que vous ayez mis les deux l'un au-dessus de l'autre ?

J'utilise R comme logiciel, j'ai pas mal de cours dessus, je vais bien réussir à m'en tirer avec les formules... Par contre, l'interprétation ...

Donc une AFC ? Pas une ACP ? Qu'est-ce que l'un va me montrer que l'autre ne me montrera pas ?
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granchef



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Mar 20 Mar - 13:42

J'aurai dû faire un tableau (mais je n'y parviens pas :-( )

Dans un tableau de contingence on compte les effectifs répartis à travers les modalités des variables.
Donc en ligne les taxons, en colonne les stations et les effectifs dans les cases appropriées.
Tout ça pour dire que oui la première cas est vide lol

ACP : 2 variables quantitatives
AFC : 2 variables qualitatives (ou quantitative hum hum!)

Là tu as deux variables qualitatives : le taxon et la station.

Je ne connais pas R, ..., l'interprétation d'une AFC :
-c'est regarder l'inertie restituée par chaque axe et choisir le nombre d'axes (généralement 2 axes...)
-c'est sélectionner les modalités qui contribuent à chaque axe (avec valeurs supérieures à 1/ nb modalités totales ou étude des cosinus ²)
-pour chaque modalité, regarder si la contribution à l'axe est positive et négative.

Pour chaque axe, tu opposes enfin les modalités à contribution positives aux modalités à contribution négative.
Ex : L'axe1 oppose les stations 7,14,28,46,49 associées aux taxons 1,2,28 aux stations 12,16 et 50 associées aux taxons 3 et 4.

J'espère que ça t'aide (et que c'est mentionné dans tes cours looool)
Bon courage!



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MessageSujet: Re: ACP, AFC ou autre ? Qu'utiliser sur mes données de stage ?   Aujourd'hui à 21:27

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